La comunidad de Juquila se fundó en el año 1272 por un grupo de personas de origen mixteco que llegaron a establecerse a orillas de un caudaloso rio.
En el año 1552 cuando vinieron los españoles a México llegó desde España al estado de Oaxaca un Domínico de nombre Fray Jordán de Santa Catarina o Catalina y traía consigo una pequeña imagen de la virgen María tallada en madera de unos 30 cm y después de misionar por la sierra norte de Oaxaca por la villa alta para agradecer a un amigo originario de Amialtepec y quién le había ayudado en sus misiones le obsequio la imagen y este chatino lo llevó a su humilde choza hecha con zacate y cañuelas.
Rápidamente se hizo popular entre sus vecinos quienes aseguraban que la virgen María a través de la imagen concedía gracias y favores especiales que estos le pedían.
Por la popularidad comenzó a llegar más gente de otras rancherías y comunidades a visitar la imagen así que en el año 1633 el sacerdote de Juquila hizo que se trasladará la imagen a una capilla igual humilde de zacate y cañuelas, pero lamentablemente por el huso de la técnica de roso en los campos de cultivo que consiste en quemar toda la maleza, el pueblo se incendió quemándose todo incluyendo la capilla.
Cuándo los pobladores indígenas pudieron apagar el fuego y humo, se hizo presente el milagro y la pequeña imagen apareció entre los escombros intacta de la ropa y cabellos solamente el rostro estaba ennegrecido y con algunas ampollas.
Los devotos chatinos intentaron retocarla pero no obtuvieron éxito así que rápidamente comprendieron que la virgen deseaba tener el color morena de la piel de aquella etnia de esa región Oaxaqueña.
Este milagro lo hizo aún más popular y comenzó a llegar mucha gente más a Amialtepec por lo que el padre Jacinto Escudero para honrar su milagro la vistió como ala virgen de San Juan de los Lagos y la llevó a la iglesia de Juquila por qué la consideraba más importante.
Sin embargo después de unos días de que la imagen llegará a su nuevo templo inexplicablemente desapareció y cuándo se dieron cuenta que había regresado a Amialtepec, la gente de Juquila pensaron que los del otro pueblo la habían robado así que por segunda vez la llevan de nuevo a Juquila. Paso lo mismo y así una tercera vez por lo que se decidió que se quedara en Amialtepec.
No fue hasta un siglo después cuándo el obispo Ángel Maldonado en el año 1719 en penitencia y oración de rodillas hizo un pedimento en Amialtepec pidiéndole a la virgen que aceptará su nuevo templo, el 30 de junio del año 1719 firmó un edicto dónde se traslada la sagrada imagen al santuario de Santa Catarina Juquila y dónde jamás volvió a salir .
Su nombre viene del náhuatl “Jukilla”, que quiere decir “Lugar de la legumbre hermosa”; sin embargo su nombre correcto es “Xiuquilla” contracción de “Xuhquililla”, que significa “Lugar en donde abunda el quelite azul”.
Es la virgen más venerada del estado oaxaqueño; se le venera en el poblado de mismo nombre situado camino a la costa. Su fiesta grande es el 8 de diciembre, la cuál va acompañada de cantos, música, bailes tradicionales y acompañado por una gran alegría de los pobladores.
Además de ser patrona de Oaxaca, también es muy venerada en Guerrero, Puebla, Veracruz, Estado de México, Chiapas, Morelos, Estado de México, Distrito Federal, etc.
Esta pequeña imagen originalmente era venerada como Nuestra Señora de la Concepción, se dice que es muy susceptible y severa con todos aquellos que la ofenda.
Se cuenta la historia de una peregrina, que decepcionada por el reducido tamaño de la imagen, dijo que no había valido la pena efectuar el largo viaje, por lo que decidió dejarle una vela y un peso; lo curioso fue que cuando regresó a su casa, encontró sobre la mesa la misma vela y la moneda que le hubo dejado días atrás.
La devoción por esta Virgen es muy grande, tanto así, que cada año muchas personas efectúan largos viajes, incluso oaxaqueños provenientes de Estados Unidos, todos con la ilusión de ver a su sagrada imagen.